Ved vægtningen af ejer og långivers afkastkrav skal der anvendes markedsværdier af henholdsvis egenkapital og gæld. Det skyldes, at disse repræsenterer den faktiske alternativomkostning. WACC udtrykker det forventede afkast ved forskellige investeringer med identisk risiko. I stedet for at geninvestere i det pågældende aktiv kan virksomheden tilbagebetale gæld og/eller tilbagekøbe aktier, men dette til markedsværdi.

Anvendelsen af markedsværdier ved fastlæggelsen af kapitalstrukturen medfører dog et praktisk problem, idet kendskab til markedsværdien af værdiansættelsessubjektet netop er formålet med værdiansættelsen og således ikke kendt på forhånd. Estimeringen af kapitalstrukturen kan derfor fx løses ved at benytte iterative beregninger.

I forbindelse med fastlæggelsen af en kapitalstruktur findes der umiddelbart to alternativer:

1. En konstant kapitalstruktur over perioden (target-kapitalstruktur), som eksempelvis fastsættes med udgangspunkt i medianen af kapitalstrukturen i sammenlignelige børsnoterede virksomheder. Ved små populationer kan det dog være mere hensigtsmæssigt at bruge et gennemsnit.
2. En løbende tilpasning af kapitalvægtene over tid, således, at de afspejler virksomhedens løbende ændringer i kapitalstrukturen.

I praksis benyttes ofte en konstant kapitalstruktur. Argumentet er, at der kun sker mindre ændringer i kapitalstrukturen over tid. Alene i de tilfælde, hvor der sker markante ændringer i kapitalstrukturen, bør kapitalvægtene tilpasses løbende.