Der kan ikke gennemføres en skattefri fusion af en fond og en forening, hvor begge er omfattet af fondsbeskatningsloven.

Visse fusioner vil kun kunne gennemføres som skattepligtige fusioner. Dette gælder for fonde mv., der ikke er omfattet af fondsbeskatningsloven, fordi de ikke opfylder fondslovenes kapitalkrav eller, fordi de er undtaget fra fondslovene.

Hvis sådanne fonde er skattepligtige, vil de almindeligvis være skattepligtige efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6, som ikke er nævnt i fusionsskatteloven.

Se tillige afsnit C.D.9.8.2 om andre tilfælde, hvor fusionsdefinitionen i FUL § 1, stk. 3, ikke er opfyldt, fordi der ikke er civilretlig hjemmel til at gennemføre en fusion uden likvidation af den indskydende fond.

Foretager en fond eller en forening en skattepligtig fusion, skal den ophørende fond eller forening skattemæssigt behandles som i opløsningstilfældet. Den ophørende fond mv. kan dog uddele sine aktiver til den modtagende enhed, og den ophørende fond mv. har mulighed for fradrag for uddelingerne efter fondsbeskatningslovens § 4, stk. 1. Den formuefordel, som tilflyder den modtagende fond eller forening ved fusionen, må sidestilles med en gave. Om fonden mv. er skattepligtig af et sådant gavebeløb, afgøres efter fondsbeskatningslovens § 3, stk. 6. Se C.D.9.5.5.1 om gaver til fonde, der ikke er familiefonde.

Skattepligtig fusion kan foretages med tilbagevirkende kraft. Se afsnit C.D.5.1 om en uddybende beskrivelse af skattepligtige fusioner.